El proyecto de la mina de Borobia afecta a nueve municipios de la cuenca del río Manubles: Borobia y Ciria, en Soria; y las localidades zaragozanas de Torrelapaja, Berdejo, Bijuesca, Torrijo de la Cañada, Villalengua, Moros y Ateca ; y ocho municipios de la cuenca el Aranda: Pomer, Aranda de Moncayo, Jarque, Gotor, Illueca, Brea, Oseja y Arándiga.
También a seis localidades de la cuenca del río Ribota: Malanquilla, Añiñón, Clarés de Ribota, Cervera de la Cañada, Villarroya de la Sierra y Torralba de Ribota; ocho municipios de la cuenca del río Isuela: Purujosa, Calcena, Trasobares, Tierga, Mesones de Isuela, Nigüella, Chodes y Morata; y cuatro localidades de la cuenca del río Araviana (Cuenca del Duero): Beratón, La Cueva de Ágreda, Noviercas y Ólvega.